Ana Sayfa
[:tr]
[vc_row][vc_column][layerslider_vc id=”3″][/vc_column][/vc_row][vc_row el_class=”inside-slider”][vc_column][vc_row_inner][vc_column_inner width=”1/3″ css=”.vc_custom_1509108645328{padding-right: 0px !important;padding-left: 0px !important;}”][eikra-vc-info-box layout=”layout4″ title=”Hakkımızda” url=”/hakkimizda/”]Bölümümüz hakkında daha fazla bilgiye buradan ulaşabilirsiniz.[/eikra-vc-info-box][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/3″ css=”.vc_custom_1509110039881{padding-right: 0px !important;padding-left: 0px !important;}”][eikra-vc-info-box layout=”layout4″ icon=”fa fa-user” title=”Öğretim Üyeleri” css=”.vc_custom_1563698884702{border-left-width: 1px !important;border-left-color: rgba(255,255,255,0.3) !important;border-left-style: solid !important;}” url=”/ogretim-uyeleri/”]Öğretim üyelerimizin akademik biyografilerine buradan ulaşabilirsiniz.[/eikra-vc-info-box][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/3″ css=”.vc_custom_1509110052516{padding-right: 0px !important;padding-left: 0px !important;}”][eikra-vc-info-box layout=”layout4″ icon=”fa fa-book” title=”Ders Programı” css=”.vc_custom_1563701778655{border-left-width: 1px !important;border-left-color: rgba(255,255,255,0.3) !important;border-left-style: solid !important;}” url=”/biyomuhendislik-lisans/”]Bölümümüz ders programına buradan ulaşabilirsiniz.[/eikra-vc-info-box][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/vc_row][vc_row full_width=”stretch_row” css=”.vc_custom_1563998818463{padding-top: 85px !important;padding-bottom: 100px !important;background-color: #ffffff !important;background-position: center !important;background-repeat: no-repeat !important;background-size: cover !important;}”][vc_column width=”3/4″ offset=”vc_col-lg-6 vc_col-md-6″][eikra-vc-text-title style=”style3″ title=”İYTE Biyomühendislik Bölümüne Hoşgeldiniz” button_text=”Amacımız & Vizyonumuz” button_url=”/amacimiz-vizyonumuz/”]İYTE Biyomühendislik Bölümü’nün amacı; moleküler ve hücresel biyomühendislik, biyomedikal teknolojiler ve biyoproses mühendisliği olmak üzere biyomühendisliğin üç temel alanında üniversitelere ve sanayiye uzman insan gücü yetiştirmek, yüksek etkili ve yenilikçi bilimsel araştırmalara ev sahipliği yapmak, endüstriye taşınabilecek translasyonel araştırmalara öncülük yapmak ve ilgili alanlarda kamuya uzmanlık sağlamaktır.[/eikra-vc-text-title][/vc_column][vc_column width=”1/4″ offset=”vc_col-lg-6 vc_col-md-6″][/vc_column][/vc_row][vc_row full_width=”stretch_row” css=”.vc_custom_1508848826323{padding-top: 60px !important;padding-bottom: 100px !important;background-color: #f5f5f5 !important;}”][vc_column][eikra-vc-post title=”Duyurular” grid_item_number=”5″ button_text=”Daha Fazlası”][/vc_column][/vc_row][vc_row full_width=”stretch_row” css=”.vc_custom_1564154797346{background-image: url(https://bioeng.iyte.edu.tr/wp-content/uploads/sites/96/2019/07/screenshot.jpg?id=2218) !important;}” el_class=”campus-tour-1″][vc_column][eikra-vc-video background=”dark” title=”Bölüm Tanıtım Videomuzu İzleyin” url=”https://www.youtube.com/watch?v=efXGuxZQhZw”]Bölümümüz hakkında daha fazla bilgiye videoyu seyrederek ulaşabilirsiniz.[/eikra-vc-video][/vc_column][/vc_row][vc_row css=”.vc_custom_1508848784627{padding-top: 55px !important;padding-bottom: 100px !important;}”][vc_column][eikra-vc-title title=”Öğretim Üyeleri” subtitle=””]
Ahu Arslan Yıldız
Araştırma Konuları:
-Biomimetik (Biyobenzer) Sistemler
-Biyomedikal ve Biyosensör Uygulamaları için Diyagnostik Sistemler
-Doku Mühendisliği
-Yapay Hücre Membranı Teknolojileri
Özgeçmiş:
Dr. Arslan Yıldız lisans ve yüksek lisans derecelerini Kimya alanında 2003 ve 2006 yıllarında Hacettepe ve Orta Doğu Teknik Üniversitelerinden, doktora derecesini ise 2010 yılında Max-Planck Polimer Enstitüsü ve Johannes Gutenberg Üniversitesinden almıştır. Doktora sonrası araştırma çalışmalarını Singapurda tamamladıktan sonra Okan Üniversitesi, Genetik ve Biyomühendislik bölümünde yardımcı doçent olarak göreve başlamış, ardından da bir yıl süre ile Stanford Üniversitesi Kanser Araştırmaları Merkezi, Radyoloji bölümünde çalışmalarına devam etmiştir. 2015 yılından itibaren İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Biyomühendislik bölümünde görev yapmaktadır.
Dr. Arslan Yıldız yapay hücre zarı ve ilaç taraması üzerine yaptığı çalışmaları ile 2014 yılında UNESCO-Loreal tarafından verilen uluslararası “Umut vaad eden genç bilim kadını” ödülünü ve MIT Technology Reviews tarafından verilen MIT TR35 “35 yaş altı umut vaad eden innovatör” ödülünü almıştır.
Research:
Biyomimetik grubu doğadan esinlenip, doğal sistemlerden elde ettiği ipuçları ile kompleks biyolojik problemleri çözümlemeye çalışmaktadır. Biyomimetik grubu doğayı taklit ederek elde ettiği bilgi birikimini kullanarak yeni biyoteknolojik ürünler ve teknolojik sistemlerin geliştirilip üretilmesini hedeflemektedir. Çalışmaların temel hedefinde doğadan ilham alınarak geliştirilen teknoloji ve ürünlerin biyomühendislik ve biyomedikal uygulamalarında kullanılması yer almaktadır.
Dr. Arslan Yıldız’ın araştırma konuları yapay hücre zarları ve hücre reseptörleri üzerine yoğunlaşmaktadır. Ağırlıklı olarak biyobenzer sistemler, mikroakışkan diyagnostik cihazlar, ilaç taraması, rejeneratif tıp ve biyokoruma gibi biyoteknolojik uygulamalar üzerine çalışmalar yapmaktadır.
Araştırma Alanları:
-Hücresel ve Moleküler Biyomühendislik
-Biyomedikal Teknolojiler
Seçilmiş Yayınlar:
Ahu Arslan Yildiz, Rami El Assal, Pu Chen, Sinan Guven, Fatih Inci, Utkan Demirci, “Towards artificial tissue Models: Past, Present and Future of 3D Bioprinting” Biofabrication, DOI: 10.1088/1758-5090/8/1/014103 (2015)
N. Gozde Durmus, H. Cumhur Tekin, Sinan Guven, Kaushik Sridhar, Ahu Arslan Yildiz, Gizem Calibasi, Ionita Ghiran, Ronald W. Davis, Lars M. Steinmetz, Utkan Demirci, “Magnetic Levitation of Single Cells” PNAS , DOI: 10.1073/pnas.1509250112 (2015)
Ahu Arslan Yildiz, Congbao Kang, Eva-Kathrin Sinner, “Biomimetic Membrane Platform Containing HERG Potassium Channel and Its Application to Drug Screening” Analyst, DOI: 10.1039/C3AN36159D (2013)
Ahu Arslan Yildiz, Umit Hakan Yildiz, Bo Liedberg, Eva-Kathrin Sinner, “Biomimetic Membrane Platform: Fabrication, Characterization and Applications” Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, DOI: 10.1016/j.colsurfb.2012.10.066 (2013)
Doç. Dr.
Ahu Arslan Yıldız
Araştırma Konuları: -Biomimetik (Biyobenzer) Sistemler -Biyomedikal ve Biyosensör Uygulamaları için...
Arzu Uyar
Araştırma Konuları ve Yöntemleri
• Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik
• Protein-Ligand (İlaç) ve Protein-Virüs Etkileşimleri
• Allosterik Düzenleme
• Moleküler Modelleme ve Yeni Modelleme Yöntemlerinin Geliştirilmesi
• Moleküler Dinamik Simülasyonlari
• Artırılmış Örnekleme
• Kaba-ölçekli Modelleme Yaklaşımları (Elastik Ağ-Yapı Modelleri)
• Moleküler Kenetlenme/Yaklaştırma
• Sanal Molekül Tarama
• Yapay Zekâ/Makine Öğrenme
Dr. Uyar, İstanbul Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nden Lisans derecesini (2004) almasının ardından Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nde Prof. Pemra Doruker danışmanlığında Yüksek Lisans (2008) ve Doktora (2014) derecelerini alarak Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik konusunda uzmanlık kazandı. Ardından doktora sonrası araştırmacı olarak ilk önce 2015’te İsveç’in Stockholm şehrindeki Karolinska Institutet’te Prof. Lennart Nilsson’un grubunda nükleik asitlerin dinamikleri konusunda çalıştı. Sonrasında ise 2016-2021 yılları arasında ABD Michigan eyaletindeki Michigan State University’de Prof. Alex Dickson’ın grubunda protein-ligand (ilaç), protein-virüs etkileşimleri ve allosterik düzenleme konularında çalışmalarını sürdürdü. Dr. Uyar, Nisan 2022’de İYTE Biyomühendislik Bölümü’ne Doktor Öğretim Üyesi olarak katıldı.
Uyar Biyomoleküler Modelleme Labı’nda (UBioModel) yüksek performanslı bilgisayarlar kullanılarak modelleme çalışmaları yürütülmektedir. Hesaplamalı ve/veya deneysel çalışan diğer ulusal ve uluslararası araştırma gruplarıyla iş birliklerimiz bulunmaktadır. UBioModel Labı’ndaki projeler hakkında daha fazla bilgi almak ve yeni iş birliği kurmak için Dr. Uyar ile iletişime geçebilir (arzuuyar@iyte.edu.tr) veya İYTE Biyomühendislik K1-49 ofisini ziyaret edebilirsiniz.
Seçilmiş Yayınlar:
1. Uyar, A and A Dickson, “Perturbation of ACE2 structural ensembles by SARS-CoV-2 spike
protein binding”, Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, 17, 9, 5896–5906.
(MSU iCER Covid-19 Research Highlights interview video of the study is also available in
the link: https://www.youtube.com/watch?v=XqYMzdOZDis)
2. Dixon, T; A Uyar; S Ferguson-Miller, and A Dickson, “Membrane-Mediated Ligand
Unbinding of the PK-11195 Ligand from TSPO”, Biophysical Journal, 2021, 120 (1), pp 158-
167.
3. Zeng, X*; A Uyar, *; D Sui*; N Donyapour; D Wu; A Dickson, and J Hu, “Structural
Insights into Lethal Contractural Syndrome Type 3 (LCCS3) Caused by a Missense Mutation
of PIP5Kγ”, Biochemical Journal, BCJ20180326, 2018. (*equal contribution)
4. Uyar A., V T Karamyan and A Dickson, “Long-range changes in neurolysin dynamics upon
inhibitor binding”, J. Chem. Theory Comput., 2018, 14 (1), pp 444–452.
5. Hartono Y. D., Y. V Pabon, A Uyar, J Wengel, K E Lundin, R Zain, C I E Smith, L Nilsson
and A Villa, “Role of pseudoisocytidine tautomerization in triplex forming oligonucleotides:
in silico and in vitro studies”, ACS Omega, 2017, 2 (5), pp 2165–2177.
6. Uyar A., N Kantarci-Carsibasi, T Haliloglu and P Doruker, “Features of Large Hinge-Bending
Conformational Transitions. Prediction of Closed Structure from Open State”, Biophysical
Journal, 2014, 106 (12), 2656-2666.
7. Uyar A., O Kurkcuoglu, L Nilsson, and P Doruker, “The elastic network model reveals a
consistent picture on intrinsic functional dynamics of type II restriction endonucleases”,
Physical Biology, 2011, 8 (5), 056001.
Dr. Öğretim Üyesi
Arzu Uyar
Araştırma Konuları ve Yöntemleri • Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik •...
Betül Aldemir Dikici
Araştırma Konuları:
- Doku mühendisliği
- Biyomalzemeler
- Emülsiyon şablonlama (PolyHIPEs)
- Eklemeli üretim (3 boyutlu yazdırma)
- Hücresizleştirme (decellularisation)
- Bilimsel ve tıbbi görselleştirme
Özgeçmiş
Dr. Aldemir Dikici lisans derecesini Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü’nden 2013 yılında almıştır. Lisansı sırasında IAESTE değişim programı kapsamında Belçika SCK-CEN Nükleer Araştırma Merkezi’nde çalışma imkanı bulmuştur. Anadolu Üniversitesi, Uluslararası İlişkiler Bölümü’nden ikinci bir lisans derecesine sahiptir. Kısa süreli bir özel sektör deneyiminin ardından 2016 yılında, İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi, Biyomedikal Teknolojiler Anabilim Dalı’ndan yüksek lisans derecesini almıştır.
2015 yılında Millî Eğitim Bakanlığı, Yurt Dışı Lisansüstü Öğrenim Bursu Programı (YLSY) kapsamında “Biyomalzemeler ve Doku Mühendisliği” alanında lisansüstü öğrenim görmek üzere desteklenmeye hak kazanmıştır. Dr. Aldemir Dikici biyomalzemeler ve doku mühendisliği alanında tamamladığı tezi ile doktora derecesini Sheffield Üniversitesi, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümü’nden almıştır. Doktorası sırasında Prof. Elazer Edelman tarafından ortak bir proje yürütmek üzere Massachusetts Institute of Technology (MIT), Harvard-MIT Biomedical Engineering Centre bünyesine ziyaretçi araştırmacı olarak davet edilmiştir. Dr. Aldemir Dikici’nin bu ziyareti Battelle-Jeff Wadsworth Visiting Research Fellowship kapsamında desteklenmiştir.
Dr. Aldemir Dikici her sene İngiltere çapında doktorasını tamamlamış veya tamamlamak üzere olan araştırmacıların yarıştığı Doctoral Researcher Awards’ın Mühendislik Bilimleri kategorisinde 2020 yılında (DRA 2020) birinciliğe layık görülmüştür. Ayrıca Dr. Aldemir Dikici Sheffield Üniversitesi tarafından da “Mike Sellars Medal and Prize in Materials Science and Engineering” ödülüne layık görülmüştür.
Bunların yanında Dr. Aldemir Dikici bilimsel iletişim ve bilimin sanatsal tasviri (bilimsel görselleştirme) konularına ilgi duymaktadır. Bu ilgisi araştırmacıya çeşitli platformlarda çok sayıda sözlü ve poster sunumu ödülü kazandırmıştır. Dr. Aldemir Dikici tarafından çizilmiş anatomik ve bilimsel illüstrasyonlar, SCI/SCIE indeksli dergilerde yayımlanmıştır. Araştırmacının doktora çalışmaları sırasında geliştirmiş olduğu malzemeyi test ettiği, civciv defekt modeli çalışmaları sırasında yakalamış olduğu, kemik doku iyileşmesini gösteren mikroskop görüntüsü, Nature Reviews Rheumatology dergisi kapak yarışması birincisi seçilerek ödüllendirilmiş ve 2020 yılı boyunca araştırmacının ismi ile derginin 12 sayısında kapak olarak kullanılmıştır. Dr. Aldemir Dikici içerisinde İnönü Üniversitesi “Görsellerle Hastalıklar Yarışması”, Sheffield Üniversitesi “Geleceğin Mühendisliği Görseli Yarışması” gibi yarışmaların da bulunduğu bilimsel görselleştirme alanındaki çeşitli yarışmalarda birincilik ödüllerine layık görülmüştür.
Dr. Aldemir Dikici 2021 yılında İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Biyomühendislik Bölümü ailesine katılmıştır. Kemik ve dental dokuların yenilenmesinde kullanılmak üzere emülsiyon şablonlama tekniğini kullanarak gözenekli matrislerin geliştirilmesi üzerine çalışmalarını sürdürmektedir.
Seçilmiş Yayınlar:
Aldemir Dikici, B.*; Dikici, S.*; Reilly, G.C.; MacNeil, S.; Claeyssens, F., (2019), “A Novel Bilayer Polycaprolactone Membrane for Guided Bone Regeneration: Combining Electrospinning and Emulsion Templating”, Materials (Basel), 12, 2643. https://doi.org/10.3390/ma12162643.
Aldemir Dikici, B.; Sherborne, C.; Reilly, G.C.; Claeyssens, F., (2019), “Emulsion templated scaffolds manufactured from photocurable polycaprolactone”, Polymer (Guildf)), 175, 243–254. https://doi.org/10.1016/j.polymer.2019.05.023.
Aldemir Dikici, B.; Reilly, G.C.; Claeyssens, F., (2020), “Boosting the osteogenic and angiogenic performance of multiscale porous polycaprolactone scaffolds by in vitro generated extracellular matrix decoration”, ACS Appl. Mater. Interfaces., 12 (11), 12510-12524. https://doi.org/10.1021/acsami.9b23100.
Aldemir Dikici, B.; Claeyssens, F., (2020) “Basic principles of emulsion templating and its use as an emerging manufacturing method of tissue engineering scaffolds”, Front. Bioeng. Biotechnol., 8, 875, https://doi.org/10.3389/fbioe.2020.00875.
Dikici, S.*; Aldemir Dikici, B.*; Issa Bhaloo, S.; Balcells, M.; Edelman, E.; MacNeil, S., Reilly, G.C.; Sherborne, C.; Claeyssens, F., (2020), “Assessment of the angiogenic potential of 2-deoxy-D-ribose using a novel in vitro 3D dynamic model in comparison with established in vitro assays”, Front. Bioeng. Biotechnol., 7 (451), 1–20. https://doi.org/10.3389/fbioe.2019.00451.
Mangir, N.; Aldemir Dikici, B.; Chapple, C.R.; MacNeil, S., (2019), “Landmarks in vaginal mesh development: polypropylene mesh for treatment of SUI and POP”, Nat. Rev. Urol., 2019, 16 (11), 675–689. https://doi.org/10.1038/s41585-019-0230-2.
Dr. Öğretim Görevlisi
Betül Aldemir Dikici
Araştırma Konuları: Doku mühendisliği Biyomalzemeler Emülsiyon şablonlama (PolyHIPEs) Eklemeli üretim...
[:en]
[vc_row][vc_column][layerslider_vc id=”3″][/vc_column][/vc_row][vc_row el_class=”inside-slider”][vc_column][vc_row_inner][vc_column_inner width=”1/3″ css=”.vc_custom_1509108645328{padding-right: 0px !important;padding-left: 0px !important;}”][eikra-vc-info-box layout=”layout4″ title=”About Us” url=”/hakkimizda/”]More information about our department can be reached by clicking on the topic title.[/eikra-vc-info-box][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/3″ css=”.vc_custom_1509110039881{padding-right: 0px !important;padding-left: 0px !important;}”][eikra-vc-info-box layout=”layout4″ icon=”fa fa-user” title=”Our Instructors” css=”.vc_custom_1563868649419{border-left-width: 1px !important;border-left-color: rgba(255,255,255,0.3) !important;border-left-style: solid !important;}” url=”/ogretim-uyeleri/”]Academic biographies of our instructors can be reached by clicking on the topic title.[/eikra-vc-info-box][/vc_column_inner][vc_column_inner width=”1/3″ css=”.vc_custom_1509110052516{padding-right: 0px !important;padding-left: 0px !important;}”][eikra-vc-info-box layout=”layout4″ icon=”fa fa-book” title=”Lecture Plan” css=”.vc_custom_1563880016845{border-left-width: 1px !important;border-left-color: rgba(255,255,255,0.3) !important;border-left-style: solid !important;}” url=”/biyomuhendislik-lisans/”]Academic plan of our undergraduate programme can be reached by clicking on the topic title.[/eikra-vc-info-box][/vc_column_inner][/vc_row_inner][/vc_column][/vc_row][vc_row full_width=”stretch_row” css=”.vc_custom_1563998835385{padding-top: 85px !important;padding-bottom: 100px !important;background-color: #ffffff !important;background-position: center !important;background-repeat: no-repeat !important;background-size: cover !important;}”][vc_column width=”3/4″ offset=”vc_col-lg-6 vc_col-md-6″][eikra-vc-text-title style=”style3″ title=”Welcome To Iztech Bioengineering Department” button_text=”Mission & Vision” button_url=”/amacimiz-vizyonumuz/”]IZTECH Department of Bioengineering aims to train experts for academia and industry in three core areas of bioengineering, which are Molecular and Cellular Bioengineering, Biomedical Technologies and Bioprocess Engineering, conduct high impact and innovative scientific research, pioneer translational research that could be transferred to industry, and provide expertise to public sector in bioengineering field.[/eikra-vc-text-title][/vc_column][vc_column width=”1/4″ offset=”vc_col-lg-6 vc_col-md-6″][/vc_column][/vc_row][vc_row full_width=”stretch_row” css=”.vc_custom_1508848826323{padding-top: 60px !important;padding-bottom: 100px !important;background-color: #f5f5f5 !important;}”][vc_column][eikra-vc-post title=”Announcements” grid_item_number=”5″ button_text=”For More”][/vc_column][/vc_row][vc_row full_width=”stretch_row” css=”.vc_custom_1564154774485{background-image: url(https://bioeng.iyte.edu.tr/wp-content/uploads/sites/96/2019/07/screenshot.jpg?id=2218) !important;}” el_class=”campus-tour-1″][vc_column][eikra-vc-video background=”dark” title=”Watch Our Video” url=”https://www.youtube.com/watch?v=efXGuxZQhZw”]More information can be obtained by watching the video of our department.[/eikra-vc-video][/vc_column][/vc_row][vc_row css=”.vc_custom_1508848784627{padding-top: 55px !important;padding-bottom: 100px !important;}”][vc_column][eikra-vc-title title=”Our Instructors” subtitle=””]
Ahu Arslan Yıldız
Araştırma Konuları:
-Biomimetik (Biyobenzer) Sistemler
-Biyomedikal ve Biyosensör Uygulamaları için Diyagnostik Sistemler
-Doku Mühendisliği
-Yapay Hücre Membranı Teknolojileri
Özgeçmiş:
Dr. Arslan Yıldız lisans ve yüksek lisans derecelerini Kimya alanında 2003 ve 2006 yıllarında Hacettepe ve Orta Doğu Teknik Üniversitelerinden, doktora derecesini ise 2010 yılında Max-Planck Polimer Enstitüsü ve Johannes Gutenberg Üniversitesinden almıştır. Doktora sonrası araştırma çalışmalarını Singapurda tamamladıktan sonra Okan Üniversitesi, Genetik ve Biyomühendislik bölümünde yardımcı doçent olarak göreve başlamış, ardından da bir yıl süre ile Stanford Üniversitesi Kanser Araştırmaları Merkezi, Radyoloji bölümünde çalışmalarına devam etmiştir. 2015 yılından itibaren İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Biyomühendislik bölümünde görev yapmaktadır.
Dr. Arslan Yıldız yapay hücre zarı ve ilaç taraması üzerine yaptığı çalışmaları ile 2014 yılında UNESCO-Loreal tarafından verilen uluslararası “Umut vaad eden genç bilim kadını” ödülünü ve MIT Technology Reviews tarafından verilen MIT TR35 “35 yaş altı umut vaad eden innovatör” ödülünü almıştır.
Research:
Biyomimetik grubu doğadan esinlenip, doğal sistemlerden elde ettiği ipuçları ile kompleks biyolojik problemleri çözümlemeye çalışmaktadır. Biyomimetik grubu doğayı taklit ederek elde ettiği bilgi birikimini kullanarak yeni biyoteknolojik ürünler ve teknolojik sistemlerin geliştirilip üretilmesini hedeflemektedir. Çalışmaların temel hedefinde doğadan ilham alınarak geliştirilen teknoloji ve ürünlerin biyomühendislik ve biyomedikal uygulamalarında kullanılması yer almaktadır.
Dr. Arslan Yıldız’ın araştırma konuları yapay hücre zarları ve hücre reseptörleri üzerine yoğunlaşmaktadır. Ağırlıklı olarak biyobenzer sistemler, mikroakışkan diyagnostik cihazlar, ilaç taraması, rejeneratif tıp ve biyokoruma gibi biyoteknolojik uygulamalar üzerine çalışmalar yapmaktadır.
Araştırma Alanları:
-Hücresel ve Moleküler Biyomühendislik
-Biyomedikal Teknolojiler
Seçilmiş Yayınlar:
Ahu Arslan Yildiz, Rami El Assal, Pu Chen, Sinan Guven, Fatih Inci, Utkan Demirci, “Towards artificial tissue Models: Past, Present and Future of 3D Bioprinting” Biofabrication, DOI: 10.1088/1758-5090/8/1/014103 (2015)
N. Gozde Durmus, H. Cumhur Tekin, Sinan Guven, Kaushik Sridhar, Ahu Arslan Yildiz, Gizem Calibasi, Ionita Ghiran, Ronald W. Davis, Lars M. Steinmetz, Utkan Demirci, “Magnetic Levitation of Single Cells” PNAS , DOI: 10.1073/pnas.1509250112 (2015)
Ahu Arslan Yildiz, Congbao Kang, Eva-Kathrin Sinner, “Biomimetic Membrane Platform Containing HERG Potassium Channel and Its Application to Drug Screening” Analyst, DOI: 10.1039/C3AN36159D (2013)
Ahu Arslan Yildiz, Umit Hakan Yildiz, Bo Liedberg, Eva-Kathrin Sinner, “Biomimetic Membrane Platform: Fabrication, Characterization and Applications” Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, DOI: 10.1016/j.colsurfb.2012.10.066 (2013)
Doç. Dr.
Ahu Arslan Yıldız
Araştırma Konuları: -Biomimetik (Biyobenzer) Sistemler -Biyomedikal ve Biyosensör Uygulamaları için...
Arzu Uyar
Araştırma Konuları ve Yöntemleri
• Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik
• Protein-Ligand (İlaç) ve Protein-Virüs Etkileşimleri
• Allosterik Düzenleme
• Moleküler Modelleme ve Yeni Modelleme Yöntemlerinin Geliştirilmesi
• Moleküler Dinamik Simülasyonlari
• Artırılmış Örnekleme
• Kaba-ölçekli Modelleme Yaklaşımları (Elastik Ağ-Yapı Modelleri)
• Moleküler Kenetlenme/Yaklaştırma
• Sanal Molekül Tarama
• Yapay Zekâ/Makine Öğrenme
Dr. Uyar, İstanbul Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nden Lisans derecesini (2004) almasının ardından Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nde Prof. Pemra Doruker danışmanlığında Yüksek Lisans (2008) ve Doktora (2014) derecelerini alarak Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik konusunda uzmanlık kazandı. Ardından doktora sonrası araştırmacı olarak ilk önce 2015’te İsveç’in Stockholm şehrindeki Karolinska Institutet’te Prof. Lennart Nilsson’un grubunda nükleik asitlerin dinamikleri konusunda çalıştı. Sonrasında ise 2016-2021 yılları arasında ABD Michigan eyaletindeki Michigan State University’de Prof. Alex Dickson’ın grubunda protein-ligand (ilaç), protein-virüs etkileşimleri ve allosterik düzenleme konularında çalışmalarını sürdürdü. Dr. Uyar, Nisan 2022’de İYTE Biyomühendislik Bölümü’ne Doktor Öğretim Üyesi olarak katıldı.
Uyar Biyomoleküler Modelleme Labı’nda (UBioModel) yüksek performanslı bilgisayarlar kullanılarak modelleme çalışmaları yürütülmektedir. Hesaplamalı ve/veya deneysel çalışan diğer ulusal ve uluslararası araştırma gruplarıyla iş birliklerimiz bulunmaktadır. UBioModel Labı’ndaki projeler hakkında daha fazla bilgi almak ve yeni iş birliği kurmak için Dr. Uyar ile iletişime geçebilir (arzuuyar@iyte.edu.tr) veya İYTE Biyomühendislik K1-49 ofisini ziyaret edebilirsiniz.
Seçilmiş Yayınlar:
1. Uyar, A and A Dickson, “Perturbation of ACE2 structural ensembles by SARS-CoV-2 spike
protein binding”, Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, 17, 9, 5896–5906.
(MSU iCER Covid-19 Research Highlights interview video of the study is also available in
the link: https://www.youtube.com/watch?v=XqYMzdOZDis)
2. Dixon, T; A Uyar; S Ferguson-Miller, and A Dickson, “Membrane-Mediated Ligand
Unbinding of the PK-11195 Ligand from TSPO”, Biophysical Journal, 2021, 120 (1), pp 158-
167.
3. Zeng, X*; A Uyar, *; D Sui*; N Donyapour; D Wu; A Dickson, and J Hu, “Structural
Insights into Lethal Contractural Syndrome Type 3 (LCCS3) Caused by a Missense Mutation
of PIP5Kγ”, Biochemical Journal, BCJ20180326, 2018. (*equal contribution)
4. Uyar A., V T Karamyan and A Dickson, “Long-range changes in neurolysin dynamics upon
inhibitor binding”, J. Chem. Theory Comput., 2018, 14 (1), pp 444–452.
5. Hartono Y. D., Y. V Pabon, A Uyar, J Wengel, K E Lundin, R Zain, C I E Smith, L Nilsson
and A Villa, “Role of pseudoisocytidine tautomerization in triplex forming oligonucleotides:
in silico and in vitro studies”, ACS Omega, 2017, 2 (5), pp 2165–2177.
6. Uyar A., N Kantarci-Carsibasi, T Haliloglu and P Doruker, “Features of Large Hinge-Bending
Conformational Transitions. Prediction of Closed Structure from Open State”, Biophysical
Journal, 2014, 106 (12), 2656-2666.
7. Uyar A., O Kurkcuoglu, L Nilsson, and P Doruker, “The elastic network model reveals a
consistent picture on intrinsic functional dynamics of type II restriction endonucleases”,
Physical Biology, 2011, 8 (5), 056001.
Dr. Öğretim Üyesi
Arzu Uyar
Araştırma Konuları ve Yöntemleri • Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik •...
Betül Aldemir Dikici
Araştırma Konuları:
- Doku mühendisliği
- Biyomalzemeler
- Emülsiyon şablonlama (PolyHIPEs)
- Eklemeli üretim (3 boyutlu yazdırma)
- Hücresizleştirme (decellularisation)
- Bilimsel ve tıbbi görselleştirme
Özgeçmiş
Dr. Aldemir Dikici lisans derecesini Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü’nden 2013 yılında almıştır. Lisansı sırasında IAESTE değişim programı kapsamında Belçika SCK-CEN Nükleer Araştırma Merkezi’nde çalışma imkanı bulmuştur. Anadolu Üniversitesi, Uluslararası İlişkiler Bölümü’nden ikinci bir lisans derecesine sahiptir. Kısa süreli bir özel sektör deneyiminin ardından 2016 yılında, İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi, Biyomedikal Teknolojiler Anabilim Dalı’ndan yüksek lisans derecesini almıştır.
2015 yılında Millî Eğitim Bakanlığı, Yurt Dışı Lisansüstü Öğrenim Bursu Programı (YLSY) kapsamında “Biyomalzemeler ve Doku Mühendisliği” alanında lisansüstü öğrenim görmek üzere desteklenmeye hak kazanmıştır. Dr. Aldemir Dikici biyomalzemeler ve doku mühendisliği alanında tamamladığı tezi ile doktora derecesini Sheffield Üniversitesi, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümü’nden almıştır. Doktorası sırasında Prof. Elazer Edelman tarafından ortak bir proje yürütmek üzere Massachusetts Institute of Technology (MIT), Harvard-MIT Biomedical Engineering Centre bünyesine ziyaretçi araştırmacı olarak davet edilmiştir. Dr. Aldemir Dikici’nin bu ziyareti Battelle-Jeff Wadsworth Visiting Research Fellowship kapsamında desteklenmiştir.
Dr. Aldemir Dikici her sene İngiltere çapında doktorasını tamamlamış veya tamamlamak üzere olan araştırmacıların yarıştığı Doctoral Researcher Awards’ın Mühendislik Bilimleri kategorisinde 2020 yılında (DRA 2020) birinciliğe layık görülmüştür. Ayrıca Dr. Aldemir Dikici Sheffield Üniversitesi tarafından da “Mike Sellars Medal and Prize in Materials Science and Engineering” ödülüne layık görülmüştür.
Bunların yanında Dr. Aldemir Dikici bilimsel iletişim ve bilimin sanatsal tasviri (bilimsel görselleştirme) konularına ilgi duymaktadır. Bu ilgisi araştırmacıya çeşitli platformlarda çok sayıda sözlü ve poster sunumu ödülü kazandırmıştır. Dr. Aldemir Dikici tarafından çizilmiş anatomik ve bilimsel illüstrasyonlar, SCI/SCIE indeksli dergilerde yayımlanmıştır. Araştırmacının doktora çalışmaları sırasında geliştirmiş olduğu malzemeyi test ettiği, civciv defekt modeli çalışmaları sırasında yakalamış olduğu, kemik doku iyileşmesini gösteren mikroskop görüntüsü, Nature Reviews Rheumatology dergisi kapak yarışması birincisi seçilerek ödüllendirilmiş ve 2020 yılı boyunca araştırmacının ismi ile derginin 12 sayısında kapak olarak kullanılmıştır. Dr. Aldemir Dikici içerisinde İnönü Üniversitesi “Görsellerle Hastalıklar Yarışması”, Sheffield Üniversitesi “Geleceğin Mühendisliği Görseli Yarışması” gibi yarışmaların da bulunduğu bilimsel görselleştirme alanındaki çeşitli yarışmalarda birincilik ödüllerine layık görülmüştür.
Dr. Aldemir Dikici 2021 yılında İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Biyomühendislik Bölümü ailesine katılmıştır. Kemik ve dental dokuların yenilenmesinde kullanılmak üzere emülsiyon şablonlama tekniğini kullanarak gözenekli matrislerin geliştirilmesi üzerine çalışmalarını sürdürmektedir.
Seçilmiş Yayınlar:
Aldemir Dikici, B.*; Dikici, S.*; Reilly, G.C.; MacNeil, S.; Claeyssens, F., (2019), “A Novel Bilayer Polycaprolactone Membrane for Guided Bone Regeneration: Combining Electrospinning and Emulsion Templating”, Materials (Basel), 12, 2643. https://doi.org/10.3390/ma12162643.
Aldemir Dikici, B.; Sherborne, C.; Reilly, G.C.; Claeyssens, F., (2019), “Emulsion templated scaffolds manufactured from photocurable polycaprolactone”, Polymer (Guildf)), 175, 243–254. https://doi.org/10.1016/j.polymer.2019.05.023.
Aldemir Dikici, B.; Reilly, G.C.; Claeyssens, F., (2020), “Boosting the osteogenic and angiogenic performance of multiscale porous polycaprolactone scaffolds by in vitro generated extracellular matrix decoration”, ACS Appl. Mater. Interfaces., 12 (11), 12510-12524. https://doi.org/10.1021/acsami.9b23100.
Aldemir Dikici, B.; Claeyssens, F., (2020) “Basic principles of emulsion templating and its use as an emerging manufacturing method of tissue engineering scaffolds”, Front. Bioeng. Biotechnol., 8, 875, https://doi.org/10.3389/fbioe.2020.00875.
Dikici, S.*; Aldemir Dikici, B.*; Issa Bhaloo, S.; Balcells, M.; Edelman, E.; MacNeil, S., Reilly, G.C.; Sherborne, C.; Claeyssens, F., (2020), “Assessment of the angiogenic potential of 2-deoxy-D-ribose using a novel in vitro 3D dynamic model in comparison with established in vitro assays”, Front. Bioeng. Biotechnol., 7 (451), 1–20. https://doi.org/10.3389/fbioe.2019.00451.
Mangir, N.; Aldemir Dikici, B.; Chapple, C.R.; MacNeil, S., (2019), “Landmarks in vaginal mesh development: polypropylene mesh for treatment of SUI and POP”, Nat. Rev. Urol., 2019, 16 (11), 675–689. https://doi.org/10.1038/s41585-019-0230-2.
Dr. Öğretim Görevlisi
Betül Aldemir Dikici
Araştırma Konuları: Doku mühendisliği Biyomalzemeler Emülsiyon şablonlama (PolyHIPEs) Eklemeli üretim...
[:]