Arzu Uyar
Araştırma Konuları ve Yöntemleri
• Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik
• Protein-Ligand (İlaç) ve Protein-Virüs Etkileşimleri
• Allosterik Düzenleme
• Moleküler Modelleme ve Yeni Modelleme Yöntemlerinin Geliştirilmesi
• Moleküler Dinamik Simülasyonlari
• Artırılmış Örnekleme
• Kaba-ölçekli Modelleme Yaklaşımları (Elastik Ağ-Yapı Modelleri)
• Moleküler Kenetlenme/Yaklaştırma
• Sanal Molekül Tarama
• Yapay Zekâ/Makine Öğrenme
Dr. Uyar, İstanbul Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nden Lisans derecesini (2004) almasının ardından Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nde Prof. Pemra Doruker danışmanlığında Yüksek Lisans (2008) ve Doktora (2014) derecelerini alarak Hesaplamalı Biyokimya ve Biyofizik konusunda uzmanlık kazandı. Ardından doktora sonrası araştırmacı olarak ilk önce 2015’te İsveç’in Stockholm şehrindeki Karolinska Institutet’te Prof. Lennart Nilsson’un grubunda nükleik asitlerin dinamikleri konusunda çalıştı. Sonrasında ise 2016-2021 yılları arasında ABD Michigan eyaletindeki Michigan State University’de Prof. Alex Dickson’ın grubunda protein-ligand (ilaç), protein-virüs etkileşimleri ve allosterik düzenleme konularında çalışmalarını sürdürdü. Dr. Uyar, Nisan 2022’de İYTE Biyomühendislik Bölümü’ne Doktor Öğretim Üyesi olarak katıldı.
Uyar Biyomoleküler Modelleme Labı’nda (UBioModel) yüksek performanslı bilgisayarlar kullanılarak modelleme çalışmaları yürütülmektedir. Hesaplamalı ve/veya deneysel çalışan diğer ulusal ve uluslararası araştırma gruplarıyla iş birliklerimiz bulunmaktadır. UBioModel Labı’ndaki projeler hakkında daha fazla bilgi almak ve yeni iş birliği kurmak için Dr. Uyar ile iletişime geçebilir (arzuuyar@iyte.edu.tr) veya İYTE Biyomühendislik K1-49 ofisini ziyaret edebilirsiniz.
Seçilmiş Yayınlar:
1. Uyar, A and A Dickson, “Perturbation of ACE2 structural ensembles by SARS-CoV-2 spike
protein binding”, Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, 17, 9, 5896–5906.
(MSU iCER Covid-19 Research Highlights interview video of the study is also available in
the link: https://www.youtube.com/watch?v=XqYMzdOZDis)
2. Dixon, T; A Uyar; S Ferguson-Miller, and A Dickson, “Membrane-Mediated Ligand
Unbinding of the PK-11195 Ligand from TSPO”, Biophysical Journal, 2021, 120 (1), pp 158-
167.
3. Zeng, X*; A Uyar, *; D Sui*; N Donyapour; D Wu; A Dickson, and J Hu, “Structural
Insights into Lethal Contractural Syndrome Type 3 (LCCS3) Caused by a Missense Mutation
of PIP5Kγ”, Biochemical Journal, BCJ20180326, 2018. (*equal contribution)
4. Uyar A., V T Karamyan and A Dickson, “Long-range changes in neurolysin dynamics upon
inhibitor binding”, J. Chem. Theory Comput., 2018, 14 (1), pp 444–452.
5. Hartono Y. D., Y. V Pabon, A Uyar, J Wengel, K E Lundin, R Zain, C I E Smith, L Nilsson
and A Villa, “Role of pseudoisocytidine tautomerization in triplex forming oligonucleotides:
in silico and in vitro studies”, ACS Omega, 2017, 2 (5), pp 2165–2177.
6. Uyar A., N Kantarci-Carsibasi, T Haliloglu and P Doruker, “Features of Large Hinge-Bending
Conformational Transitions. Prediction of Closed Structure from Open State”, Biophysical
Journal, 2014, 106 (12), 2656-2666.
7. Uyar A., O Kurkcuoglu, L Nilsson, and P Doruker, “The elastic network model reveals a
consistent picture on intrinsic functional dynamics of type II restriction endonucleases”,
Physical Biology, 2011, 8 (5), 056001.